Genrupt est, comme Villars-Saint-Marcellin, commune de Bourbonne-les-Bains depuis le 27 décembre 1972, avec un adjoint délégué.
Au XIIe siècle, Genrupt n’était guère qu’un hameau de quelques maisons bâti en lisière de forêt. Il prit de l’importance avec la fondation d’une maison templière, aujourd’hui disparue.
Le village de 82 habitants, situé à proximité d’un ruisseau qui se jette dans l’Apance, tire profit de sa fusion avec Bourbonne-les-Bains dont il est relié par une voie romaine rectiligne.
Selon un historien local, le village a été donné aux Templiers par le seigneur de Bourbonne au XIIe siècle. Après la dissolution de cet ordre, il passa aux mains des chevaliers de Malte.
Le pays fut rasé pendant la guerre de 30 ans par les troupes de Gallas amenées là par les Lorrains et les Francs-Comtois en 1636.
L’église Notre-Dame de la Nativité est du XIXe siècle.